Antrasis pasaulinis karas

Okupavusi ir aneksavusi Lietuvą, Sovietų Sąjunga tęsė masines represijas. Buvo suiminėjami inteligentai, valdininkai, išformuota Lietuvos kariuomenė, dalis karininkų sušaudyti. 1941 m. birželio 14-18 d. pradėti masiniai Lietuvos gyventojų trėmimai į Sibirą. Vien per šias keturias dienas gyvuliniais vagonais nežmoniškomis sąlygomis į Sibirą buvo išvežta apie 18 tūkstančių žmonių, daugiausiai mokytojų, teisininkų, pasiturinčių ūkininkų.

1941 m. birželio 22 d. prasidėjus Vokietijos ir Sovietų Sąjungos karui, Raudonoji armija traukėsi iš Lietuvos. Abi priešiškos kariuomenės pirmosiomis karo dienomis terorizavo ir žudė Lietuvos gyventojus. Ypač žiauriai Raudonosios armijos buvo nukankinti keliasdešimt politinių kalinių Rainių miškelyje.

Pirmosiomis karo dienomis pogrindinė antibolševikinė organizacija - Lietuvių aktyvistų frontas - organizavo krašto gyventojų sukilimą. Jau birželio 23 d. buvo paskelbta Lietuvos nepriklausomybės atstatymo deklaracija ir Laikinosios Vyriausybės suformavimas. Sukilėliai užėmė ir kontroliavo didelę dalį Lietuvos teritorijos. Sukilėlių buvo apie 20-30 tūkstančių, iš kurių beveik 2 tūkstančiai žuvo kovose.

Vokietija neplanavo atkurti nepriklausomos Lietuvos valstybės, todėl po 6 savaičių nauja okupacinė valdžia liepė Laikinajai Vyriausybei išsiskirstyti. 1941-1944 m. vokiečiai organizavo masines žydų žudynes, Lietuvos gyventojų vežimą priverstiniams darbams į Vokietiją. Į žydų žudynes vokiečiai įtraukė ir Lietuvos gyventojus. Per tris metus buvo sunaikinta beveik visa Lietuvos žydų bendruomenė, turėjusi 600 metų gyvenimo Lietuvoje istoriją. 1943 m. vokiečiams nepavykus sukurti lietuviškųjų Waffen-SS dalinių, žymiausi Lietuvos inteligentai buvo suimti ir išvežti į Štuthofo koncentracijos stovyklą. 1944 m. traukiantis vokiečių kariuomenei, lietuviams buvo leista formuoti savus karinius dalinius, kurie nesugebėjo pasipriešinti Raudonajai armijai ir naujai Lietuvos okupacijai. Kartu su atsitraukiančia vokiečių kariuomene iš Lietuvos pasitraukė ir keli šimtai tūkstančiai emigrantų, bėgusių nuo sovietinės valdžios ir jos vykdomos teroro, trėmimų politikos. 1944 m. nacistinės Vokietijos okupaciją pakeitė stalinistinės Sovietų Sąjungos reokupacija. Lietuvoje vėl buvo įtvirtinta sovietų valdžia, atkurta iki karo buvusi sovietinė sistema. Jau 1945 m. pavasarį atnaujinti masiniai trėmimai į Sibirą. Karo metais Lietuva patyrė daug nuostolių: buvo sugriauta pramonė, nusiaubtas žemės ūkis, užgniaužti tautinės kultūros pasireiškimai, sugriauti ir sudeginti miestai bei miesteliai, išgrobstyta bei sunaikinta daug kultūros ir meno paveldo vertybių.